При конвертации ASCII без pourов проблема действительно исчезла. Спасибо. Проблема конечно полностью не решена, но как выход можно заново нарисовать полигоны.
Есть подозрение, что проблема возникла из-за куска платы, который конвертировался из Allegro, т.к. с ним на другой плате такие же неприятности.