Была такая же ситуация два года назад с EPC8. На 10 из 15 модулей EPC-шки не шились. Программатор выдавал сообщение "Error: Can't recognise SiliconID." М/с шилась c помощью ByteBlasterMV через JTAG. После длительной переписки с Altera support и обменом осциллограммами порекомендовали вернуть партию м/с поставщику и потребовать замену. Так и поступили, новые м/с зашились и все заработало.
В этом году, изготавливая новую партию модулей, история повторилась. Устанавливались м/с из разных партий - 2 из 3-х партий приводили к выдаче той же ошибки. Кроме того эта же ошибка выскакивала и при программировании части MAX7128. М/с вернули, купили новые, MAX-ы заработали, а вот новые EPC8 так и нет - та же ошибка...
Поставщики разные - и Элтехкомплект, Новатех, Гамма...