Я убрал их вручную, путём редактирования PDF'ки:
сначала надо её распаковать с помощью, например, mupdf
mutool.exe clean -d MV.pdf e.pdf
Дальше находишь примерно такие строки, у меня они все оканчивались на TJ:
(MAR)50(VELL CONFIDENTIAL,)40( UNDER ND)40(A…)\]TJ
И полностью заменяешь их пробелами один к одному, чтобы размер файла (точнее потоков) не изменился.
Но это уберёт только видимый NDA, ещё там встречается что-то от digimark, поэтому не советовал бы полученный документ распространять.