Пока возился, нашел лучшую программу для программирования ATMEL - ISP Programmer 1.2.0.56 http://dybkowski.net.
Уровни SCK вроде правильно сделал (менял тоже), читал данные в разные моменты.
Посылаю четыре байта разрешение программирования (последние два =0) в ответ 255,255,16 или 8 (от того где читаю),0.
Такое впечатление что выставляет 1 в 3 байте потому, что как будто команду не распознает (первые 3 бита определяют код команды для программирования, а я 3-им байтом 0 посылаю).
Кабель от LPT к SPI МПЦ с 2 ограничительными резисторами 1кОм на входы SPI МПЦ, выход с МПЦ подтяжка к + 22кОм.