Всем здравствуйте! Вот решил поделиться своим опытом.
На линукс в качестве основной ОС я перешел уже очень давно, более 5 лет не пользуюсь никакими поделками микрософта.
Вот заусило программировать микроконтроллеры в линуксе, собрал для начала STK200, заработал сразу и работает по сей день. Для программирования с бука в полевых условиях понадобился USB программатор, собрал по этой схеме
http://www.hardlock.org.ua/mc/other/avr910/ автор чрезмерно упростил схему в части перемычки "modify", а вообще этот программатор заработал сразу с родной прошивкой от протоса. но при самосборном ядре он прошивал в режиме CDC. Со стандартным ядром как уже тут говорилось CDC режим неработает, зато отлично работает HID.
Печатка разведена в KiCAD, на фото автомобильный 1wire термометр с дисплеем от нокиа3310 (точнее что от него осталось после летнего теста в машине). Для программирования использую avr-gcc + avrdude(через Makfile) (или ponyprog2000).