docker

Сам разъем полная копия DB-9, только на месте крепежных отверстий запесованы втулки.

У этого контроллера USART и SPI имеют различние регистры управления, а следовательно Вы можете их использовать независимо друг от друга.

Может скорость маленькая из-за емкостей на С64,С68,С77 ( они могут заваливать фронты сигналов). Я не ставлю в своих схемах никаких емкостей. Ножки WP и RES подключаю к VCC без резисторов. DD4, по-моему тоже лишний.

Дергать reset у флешки необязательно. wp и reset я всегда подтягиваю к питанию, и никаких проблем. С at91sam7x256 я не работал, но предполагаю что у Вас проблема или с инициализацией SPI0 (возможно у at91sam7x256 инициализация SPI0 и SPI1 различны), или в передаче команд флешке.