При тестировании в плате нашли "косяк" фильтрующие конденсаторы, которые стоят на шинах питания не были подключены к земле. Хоть и по колхозному, но косяк исправили. После этого прошивка снова не удалась. Посмотрев осциллографом шины, выяснил что при прошивке на шине TDO импульсы имеют размах не более 1 В. А так же в остальное время на шине TDO был потенциал около 2В, хотя она подтянута к 3.3 В. Посчитав, что ПЛИС сгорела из -за того, что сначала не было фильтрации на шинах питания, замен ее на новую, но проблема не решилась.
SOF тоже не заливается, да и в режиме JTAG ПЛИС не определяется в программере.