Решить проблему получилось добавлением команды "monitor reset" сразу после загрузки образа ПО командой "load".
Из того что я наблюдал в логах GDB сервера (J-link) и логах в консоли (Eclipse):
1971 load
&"load\n"
load
~"Loading section .text, size 0x3b90 lma 0x400000\n"
Loading section .text, size 0x3b90 lma 0x400000
1971+download,{section=".text",section-size="15248",total-size="481233"}
~"Loading section .relocate, size 0x38 lma 0x403b90\n"
Loading section .relocate, size 0x38 lma 0x403b90
1971+download,{section=".relocate",section-size="56",total-size="481233"}
~"Start address 0x400000, load size 15304\n"
Start address 0x400000, load size 15304
~"Transfer rate: 7472 KB/sec, 7652 bytes/write.\n"
Transfer rate: 7472 KB/sec, 7652 bytes/write.
1971^done
после загрузки ПО регистр pc автоматически загружается значением 0x400000. Что мне и мешало.
Строки ENTRY в скрипте линкера я не нашел.
