Разбираясь дальше с DDR2, переделал проект в 14 квартусе. Программу запускаю из под блочной памяти (указываю в настройках BSP). Так же настроил тайминги, для памяти и для платы, проблема от части решилась. Отладка запускается, память DDR2 видна, но не проходит тест записи данных, вернее может пройти, а может и нет (считанные данные не соответствуют записанным), а может и вовсе зависнуть. Ниже скриншот глазковых диаграмм и по нему видно, что есть проблемы, с линиями DQ11, DQ4, DM1, DM0, DQS0, DQS1. Кстати раньше были проблемы со всеми линиями, после включения ODT, остались проблемы только с этими. В чем причина и как с этим бороться, я пока не понимаю. Бывает, так что все диаграммы в норме, тогда и проходит тест, но во время полного теста памяти, диаграммы меняются. Для выше перечисленных линий, до нуля, для всех остальных незначительно.