В чипе есть небольшая область OTP, куда можно прошить AES ключ. После этого весь код будет рашифровываться этим самым ключом. Пример реализации можно посмотреть у LPCXpresso - файлы LPCXpressoWIN.enc, LPCXpressoFS.enc и LPCXpressHS.enc содержат зашифрованный код, который загружается на LPC-Link через USB по протоколу DFU.