Добрый день!
В последних версиях ADS при анализе методом Моментум референсные пины задаются здесь.
То есть сначала расставляете их в топологии на нужные слои, а затем добавляете их в настройках пинов. Если их не добавить, Моментум сам выберет референс, что не всегда верно.