Кажется у меня похожая проблема.
Откомпилировал проект на С в среде CodeVisionAVR 3.12
Получил cof файл и загрузил его в модель Atmega16 в Proteus 7.7.
Работает вроде бы правильно, НО
когда останавливаю симулятор (пауза) и смотрю исходный код,
то вижу только файл *.С, а файлов *.h нет в выпадающем окошке Source.
Не могу перейти (F11) к функции, которая расположена в *.h.
Прошу помощи, уважаемые.