Рассматривая многи варианты реализации, в итоге остановился на USBN9604, т.к. наиболее доступный, весьма недорогой и позволят реализовать все классы USB устройств.
В результате на связке с atmega128 (во второй реализации atmega2560) и NAND Flash от Samsung реализован класс Mass Storage Device. Контроллер неизбежен был, т.к. кроме USB девайс делает очень много дел. + Важна была минимизация себестоимости устройсва. В итоге очень доволен микросхемой USBN.
С USBN работаю по параллельному порту, но т.к. шина общая и для USBN и для внешнего озу атмеги и для NAND Flash, то скорость ОЧЕНЬ мала. В новой схемотехнической реализации на atmega2560 и разнесением памятей и USBN на разные порты контроллера, надеюсь на увеличение скорости.
Все зависит какие объемы и как критично время считывания.... и вобще, что именно планирует делать тредстартер. Ведь информацию прежде чем считывать, необходимо записать в память. Мне пришлось реализовать в своем девайсе поддержку FAT.