Версию прошивки в контролере проверяет бутлоадер или программа через юсб,
есть какието ини, дллки, чтото реестре прописано?
скорее всего бутлоадер проверяет подпись прошивки а версию уже программа
есть и дллки и есть параметры реестра для указания: проверить версию и прошить после след перезагрузки, прошить после след перезагрузки на туже версию что и стоит если она не ниже , не проверять и нечего не делать.