Столкнулся с такой же проблемой на STM32F051. Началось с того что хотел откалибровать внутренние часы и вывел на PC13 частоту чтобы измерить период. Оставил на пару дней чтобы определить на сколько уйдут часы и батарейка оказалась разряжена. В ходе разбирательства выяснилось что в режиме вывода частоты этот вывод push-pull, а не open drain. И при выключенном питании контроллера все так же пытается выдать единичку и тянет ток из батарейки. Как только отключил выдачу частоты, стразу стало все нормально.
