Была такаяже проблемма, Borland, WinAVR, mspgcc дрались между собой. Из PATH вперёд ногами вынес
WinAVR и mspgcc а в настройках PROGRAMMERS NOTEPAD Tools->Options->Tools->Add вкладка Properties
указал для каждого проекта свои пути к make.exe, да, если открыть в PROGRAMMERS NOTEPAD файл
из другой папки то PROGRAMMERS NOTEPAD будет подсовавать этот путь в make.exe , а нетот где лежит
проект.