Несколько лет назад я тоже преобрел себе Nanoboard 3000AN (с FPGA от Altera)
Немного поигрался с AltiumDesigner и понял, что для FPGA лучше использовать родной Quartus. Тоже стоял перед проблемой что делать...
В итоге я написал простенький проект для HostFPGA, в котором крутится Plasma MIPS Core и через cypress на плате по USB я могу программировать user FPGA. Как дополнение, на плате имеется разъём soft jtag. В него можно подрубить USB Blaster, если нужен signaltap.
Никаких переделок на плате не потребовалось
