Доброго дня!
Возможно, Квартус чего-то переоптимизировал, либо косяки в проекте. попробуйте в окне Node Finder в фильтре выбрать registers post-fitting, станет ясно куда рыть
Извините, ответил не сразу - был без Сети
Все, что нужно, лежит здесь
http://www.altera.com/education/univ/softw...m/unv-qsim.html
Выбираете нужную версию и вперед, при необходимости - измените
аттрибуты выходных файлов.