С той платой которую нужно перевернуть (поменять местами TOP и BOTTOM) поступить так же как с одним компонентом. Т.е. выделить плату целиком в режиме ALL LAYERS и с нажатой левой кнопкой мыши нажать клавишу L, затем отпустить кнопку мыши. Само собой до этого нужно настроить пары слоев (Layer pairs). Остальные способы какие-то ущербные.