Может для Aльтиума нужно менять режим работы порта EPP ECP SPP?
Но квартус версии 7 или 8 или 9 работая стандатном режиме четко шьет читает, детектирует тип кристала.
Еще вопрос, возможно такое, что если на этой же машине не установлен вместе с альтиумом квартус, либо квартус не той версии,
то байт бластер не заработает?