Все верно: порядок должен быть. И усложнять себе жизнь изучением нового софта не очень хочется.
Дело в том, что на данном этапе проектирования вырисовывается несколько плат с разным количеством слоев. В данном случае, конечно, можно обойтись простым разбиением проекта на несколько. Однако это немного напоминает, например, разводку плат в Corel...
Впрочем, спасибо за ответы: отсутствие результата - тоже результат.