Перейти к содержанию
    

Реверс-инжиниринг нанопорового секвенатора

Если вы так настаиваете на реверсе, то проще и быстрее заказать реверс платы, друг заказывал на Резоните, в результате проект в САПР, гербера и пачка готовых плат. Уверен что есть ещё фирмы кто этим занимается. Купите детали, запаяете (можно там же заказать монтаж) и всё готово.

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на другие сайты

53 минуты назад, vov4ick сказал:

проще и быстрее заказать реверс платы, друг заказывал на Резоните

Похоже, Вы правы. Они же и реверсят? Не нашёл эту услугу на их сайте: 

Печатные платы — РЕЗОНИТ — Производство и монтаж печатных плат (rezonit.ru)

Плохо искал? 

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на другие сайты

Тут вопрос что является критерием того, что плата скопирована? Ну сказали тебе, что скопировали, дали гербера + пустую плату или дали уже запаяную плату или дали запаяную и проверенную на оборудовании плату?

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на другие сайты

Там мало скопировать плату и запаять детали, надо еще перетянуть фирмваре, в частности, из того, что видно, зашивку Спартана-6 вытянуть из его загрузочной флешки, если только он не загружается с компьютера.

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на другие сайты

7 минут назад, vladec сказал:

Там мало скопировать плату и запаять детали, надо еще перетянуть фирмваре, в частности, из того, что видно, зашивку Спартана-6 вытянуть из его загрузочной флешки, если только он не загружается с компьютера.

Загрузка прошивки Спартана-6 идёт с компьютера. Расчёт на то, что если плату скопировать достаточно точно, то прошивку разрабатывать не понадобится. Она загружается при запуске прибора его родным ПО.

Но в перспективе было бы неплохо разобраться и с этой прошивкой - чтобы заменить Спартан-6 чем-нибудь более доступным (китайским). Например: Компания GOWIN Semiconductor представила новое решение GOWIN USB 2.0 (vostok-electronics.ru) И разработать уже собственную плату, со своим ПО.

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на другие сайты

Quote

Загрузка прошивки Спартана-6 идёт с компьютера. Расчёт на то, что если плату скопировать достаточно точно, то прошивку разрабатывать не понадобится. Она загружается при запуске прибора его родным ПО.

с большой вероятностью там есть загрузчик этой прошивки, и его прошивка прошита на плате. А ее вы откуда будете вытаскивать?

 

OFF: вот уже три года вы принципиально пытаетесь только копировать или штопать, может проще все-таки имея образец под рукой сделать свое? ИМХО, и как тут уже много раз обсуждалось, разводка и софтвер тут реально проценты от всей разработки, и их надо подстраивать под реалии биофизики, которую не штопать БУшные, а все-таки самим делать.

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на другие сайты

6 часов назад, iiv сказал:

с большой вероятностью там есть загрузчик этой прошивки, и его прошивка прошита на плате. А ее вы откуда будете вытаскивать?

 

OFF: вот уже три года вы принципиально пытаетесь только копировать или штопать, может проще все-таки имея образец под рукой сделать свое? ИМХО, и как тут уже много раз обсуждалось, разводка и софтвер тут реально проценты от всей разработки, и их надо подстраивать под реалии биофизики, которую не штопать БУшные, а все-таки самим делать.

Да не, правильно делают если загрузка идёт с ПК. Создать аналитический софт для таких дел это как самому написать компилятор. Первый этап это практически всегда копирование, второй - допиливание, а уже потом что-то своё.

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на другие сайты

IMHO нужно на имеющемся образце сдуть весь актив и запаять новый, купленный в магазине (если конечно удастся купить). Если плата после этого заработет как ни в чем ни бывало, то да, ее можно клонировать.

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на другие сайты

17 минут назад, San66 (albor) сказал:

IMHO нужно на имеющемся образце сдуть весь актив и запаять новый, купленный в магазине (если конечно удастся купить). Если плата после этого заработет как ни в чем ни бывало, то да, ее можно клонировать.

Не факт. Защиту от клонирования можно сделать и на пассиве. При желании. Например - основываясь на разбросе параметров (сопротивление, ёмкость, рассеиваемая мощность, ... etc. пассивных элементов).

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на другие сайты

2 часа назад, jcxz сказал:

Защиту от клонирования можно сделать и на пассиве. При желании.

Смысл париться, когда бюджет  = ноль .Таких тем в месяц-в-почте пробегает десяток+, с синдромом скоромности : "... вы предложите скока-бабла-нада, а мы рассмотрим ..." . Давно на сию пургу не ведусь, ибо сперва кобыла (бюджет), апосля телега  = ТЗ . Бесплатных ТЗ не бывает .

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на другие сайты

Как правило, в подобных изделиях нет никакой защиты от копирования потому что никому не придёт в голову их копировать, а если вдруг придёт, то конкуренцию в обозримом будущем они не составят. Это оборудование для исследований - там везде написано "research use only". Никакой сертификации нет, все потребители - исследовательские организации. Вероятность ошибок у таких секвенаторов 8-20%, это не секрет, результаты, полученные на них надо перепроверять другими приборами. Автор похоже думает что там всё просто, скопировал плату и можно грести деньги лопатой, но нет. 

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на другие сайты

3 часа назад, vov4ick сказал:

Как правило, в подобных изделиях нет никакой защиты от копирования потому что никому не придёт в голову их копировать, а если вдруг придёт, то конкуренцию в обозримом будущем они не составят. Это оборудование для исследований - там везде написано "research use only". Никакой сертификации нет, все потребители - исследовательские организации. Вероятность ошибок у таких секвенаторов 8-20%, это не секрет, результаты, полученные на них надо перепроверять другими приборами. Автор похоже думает что там всё просто, скопировал плату и можно грести деньги лопатой, но нет. 

Защиты нет. Точность нанопорового чтения ДНК в этом году превысила 99%. Это если с гарантией. Часто точность составляет 99,5%. А рекордный показатель - 99.7%. Задача грести деньги лопатой не стоит. Целью является снижение стоимости секвенирования в России. Для этого вместо новой разработки можно ограничиться копированием старой. При этом проблемой может оказаться прекращение производства SPARTAN 6 как устаревшей модели. А старая загрузка для новой модели FPGA может не подойти. Буду признателен за идеи по этому поводу.  

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на другие сайты

Подозреваю что точность 99% получается за счёт амплификации исходной ДНК и множественного параллельного секвенирования, чего раздаботчики нанопоры, я так думаю, хотели избежать.

Авторы этой прошлогодней статьи не столь оптимистичны. Где вы прочитали про 99% ?

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на другие сайты

Чото ржу. попытка реверса алгоритмов внутри плисины на деле равна нулю.

вы тут мыльные пузыри надуваете.

 

советую забыть попытки реверса чужой электроники с плисами как страшный сон.

 

одно дело что МРТ например уже довольно известен и уже много электронщиков могут восстановить алгоритм для получения красивых картинок и привлечь специалистов в области ПО для создания 3D в этом русле.

 

второе дело что уже намного меньше специалистов способных мыслить о сложности в масштабах ЯМР. iiv, привет! Особенно если это уже не просто водород-кислород-углерод, а еще и вниз хотябы до железа

 

а тут вообще третье дело. на границе наук. без предварительных многолетних наработок как запускать реакции и как их считывать.... какие датчики возможно разработать* с какой скоростью они смогут работать? Там больше вопросов чем ответов, поэтому я сомневаюсь в возвожностях даже самых современных секвенсеров. Есть исследования с каким % и с какой сигмой достоверности они дают свой результат?

 

как только будет 95% +- 3sigma вот тогда и поговорим. а пока все дерьмище которое есть сейчас на рынке - это дерьмо которое позволеят выполнить еще большее дерьмо, только чуть быстрее, и с весьма дерьмовыми результатами.

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на другие сайты

19 часов назад, genseq сказал:

При этом проблемой может оказаться прекращение производства SPARTAN 6 как устаревшей модели. А старая загрузка для новой модели FPGA может не подойти. Буду признателен за идеи по этому поводу.  

Идея такая. Сначала сделать электронный симулятор пластинки секвенатора. Размеры его значения не имеют, пусть хоть как ЭВМ 70-х годов будет, с потреблением несколько кВт. Лишь бы разъём подключения к секвенатору соответствовал (но скорее всего хватит и размеров обычного ноутбука). В этом симуляторе разместить тестовый геном чего то известного и простого, например какого-то хорошо изученного вируса. И пусть он его "скармливает" секвенатору.

Если буржуйский секвенатор всё распознаёт верно, и каждый раз сообщает нам правильный ДНК этого вируса - значит мы успешно выполнили первый шаг.

 

Теперь переходим ко второму шагу. На базе уверенно работающего симулятора пластинки, собираем свою версию секвенатора, из доступных на тот момент деталей. Это может быть полностью скопированная реплика от Oxford-a, со всеми деталями из оригинальной схемы, или же творческая адаптация под доступную элементную базу (размеры, опять же, не важны). Когда наша версия секвенатора заработает с нашим симулятором пластинки - мы закончили и второй шаг.

 

А далее всё просто: работающий отечественный секвенатор есть 🙂, тиражируй его, подключай к нему оригинальные пластинки от Oxford-a и пользуйся в своё удовольствие 🙂

Изменено пользователем controller_m30
Добавление цитаты

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение
Поделиться на другие сайты

Присоединяйтесь к обсуждению

Вы можете написать сейчас и зарегистрироваться позже. Если у вас есть аккаунт, авторизуйтесь, чтобы опубликовать от имени своего аккаунта.

Гость
Ответить в этой теме...

×   Вставлено с форматированием.   Вставить как обычный текст

  Разрешено использовать не более 75 эмодзи.

×   Ваша ссылка была автоматически встроена.   Отображать как обычную ссылку

×   Ваш предыдущий контент был восстановлен.   Очистить редактор

×   Вы не можете вставлять изображения напрямую. Загружайте или вставляйте изображения по ссылке.

×
×
  • Создать...