Jump to content

    

Реверс-инжиниринг ячеек нанопорового секвенатора

Recommended Posts

a123-flex

Ну и проект такой) интересный. на 6 млрд$)

Там медленные АЦП - скорости USB3 на полный поток за глаза - и вполне возможно ПЛИС выполняет функцию простого преобразователя интерфейсов, без каких-либо обработок вообще. Тогда прошивка в ПЛИС банальная донельзя.

По хорошему нужно дизассемблировать софт PC. Самое интересное там.

Я правда не понял, есть ли у ТС полный комплект.

Share this post


Link to post
Share on other sites

Herz
3 часа назад, genseq сказал:

В таком случае импортозамещение подобной техники становится не воровством, а делом чести любого патриотично настроенного хакера (или реверсного инженера). Во-вторых, речь идёт об освоении регенерации отработанных ячеек и их использовании в сугубо научных целях. Не думаю, что это может считаться воровством.

О как. А чем же это может считаться? Какими бы благими научными целями это не было прикрыто, воровство - оно и в Африке воровство. Надеюсь, Вы понимаете отличие изучения генома от "изучения" чужой разработки.

А патриотам в качестве импортозамещения хочется пожелать успехов в создании своих приборов.

Иначе непонятно, за счёт чего можно "в несколько раз удешевить секвенирование генома человека, которое сейчас стоит $400 в Китае и ~$1200 в России. А может стоит меньше $100. Причём в России".

Впрочем, как раз понятно.

Share this post


Link to post
Share on other sites

a123-flex
Только что, Herz сказал:

А патриотам в качестве импортозамещения хочется пожелать успехов в создании своих приборов.

Вы не ответили про Скоробогатова. Вы хоть понять можете, что он сделал ?))

Share this post


Link to post
Share on other sites

Если главная цель - очищать поры пластинок от ДНК-материала, так может надо сначала не на FPGA "набрасываться", а подумать про методы очистки? Типа: ультрафиолет, рентген, вакуум, автоклав, заморозка в азоте, химикаты какие-то, или полезные грибы\бактерии, и т.д.

Или это всё уже делалось, но не помогает? А если делалось, то что именно не получается: хорошо очищать поры, или сохранять пластинки в работоспособности?

 

Например, если радиокомпоненты мешают очистке, то их предварительно можно снимать, а потом ставить на место. По моему, особых проблем с монтажом-демонтажем быть не должно.

А потом обрабатывать их каким-нибудь пАром, в кислотах-щелочах мыть, в спирте их купать :) Ведь на заводе их как-то обрабатывают, перед продажей!?

Share this post


Link to post
Share on other sites

genseq
44 минуты назад, controller_m30 сказал:

Если главная цель - очищать поры пластинок от ДНК-материала, так может надо сначала не на FPGA "набрасываться", а подумать про методы очистки?

Уже и думали, и делали. Бислойная мембрана легко смывается спиртом. Но потом нужно восстанавливать гидрофобность поверхности. Причём гидрофобизаторами с длинными "хвостами". С "мокрой"стороны вопросов много, но решить их способны специалисты биофизического профиля. А вот ставить эти эксперименты на родном ПО секвенатора практически невозможно. Оно заточено только на проверку работоспособности чипа и слепого считывания с него потока информации. Для встраивания в мембрану нанопор фирмачи могут предоставить какой-то скрипт, но только своим коллабораторам. Регенерацию мембраны они не доверяют никому. Родное ПО секвенатора написано на Python, но проще написать своё, чем пытаться скорректировать или дописать чужое. При этом лучше писать его не для не очень понятного фирменного секвенатора, а для доморощенного гаджета, который может иметь упрощённую конструкцию.    

Share this post


Link to post
Share on other sites

yes
2 hours ago, a123-flex said:

Там медленные АЦП

скорее всего ПЛИС там как раз для того, чтобы сузить поток, то есть какая-то фильтрация, усреднение и т.п.

медленные АЦП LVDS-ом не подключают...

------------------

за дремучесть извиняюсь - но если бы автор провел ликбез (понятно, что и гугль есть, но для совсем тугих в теме...)

что за секвенатор, сколько к нему цепляется этих ячеек одновременно, почему такая матрица, ну а например от оптической мыши не годится

что подразумевается под восстановлением - просто отмыть (обработать поверхность сенсора) или какие-то электрические свойства (перекалибровка например)

-----------------

а как "чип" то взаимодействует с сенсором

???

=========

ну если уж про импортозамещение и патриотизм заговорили, то наверно можно поинтересоваться...

 

 

Share this post


Link to post
Share on other sites

genseq
2 часа назад, a123-flex сказал:

Ну и проект такой) интересный. на 6 млрд$)

Там медленные АЦП - скорости USB3 на полный поток за глаза - и вполне возможно ПЛИС выполняет функцию простого преобразователя интерфейсов, без каких-либо обработок вообще. Тогда прошивка в ПЛИС банальная донельзя.

По хорошему нужно дизассемблировать софт PC. Самое интересное там.

Я правда не понял, есть ли у ТС полный комплект.

Проект интересный. В перспективе - многомиллиардный, т.е. в случае успеха в воровстве никто обвинять уже не будет (закон больших чисел!).

Полный комплект софта имеется в открытом доступе. В основном написан на Python и не требует дизассемблирования. Прошивка ПЛИС тоже имеется. Похоже, банальная, поскольку исправно загружается в отладочную плату и ПО принимает эту плату за секвенатор. Так что кое-что уже есть.

Share this post


Link to post
Share on other sites

gte
17 минут назад, genseq сказал:

А вот ставить эти эксперименты на родном ПО секвенатора практически невозможно. Оно заточено только на проверку работоспособности чипа и слепого считывания с него потока информации.

Так разделите задачу, сделайте устройство на основе доступных чипов с небольшим количеством сенсорных пикселов для части ячеек. На них и отработаете технологию восстановления. А там и понимание появится, смотришь и копировать не надо будет, сделаете аналог. Только, боюсь, обойтись специалистами со стороны не реально.

Share this post


Link to post
Share on other sites

genseq
2 минуты назад, gte сказал:

Так разделите задачу, сделайте устройство на основе доступных чипов с небольшим количеством сенсорных пикселов для части ячеек. На них и отработаете технологию восстановления. А там и понимание появится, смотришь и копировать не надо будет, сделаете аналог. Только, боюсь, обойтись специалистами со стороны не реально.

С доступными чипами не получится. У них отсутствует возможность изменения полярности электродов. Для понимания можно, конечно, повозиться и с ними. Но возиться некому. Я из биохимиков, и профессионально ввязаться смогу только в "мокрую" часть разработки.   

9 минут назад, yes сказал:

за дремучесть извиняюсь - но если бы автор провел ликбез

https://nanoporetech.com/

https://www.skygen.com/katalog/oborudovanie/oxford_nanopore_technologies/

 

Мультиканальные программы.doc

Share this post


Link to post
Share on other sites

Plain
21 минуту назад, genseq сказал:

С доступными чипами не получится. У них отсутствует возможность изменения полярности электродов.

Сказки.

Share this post


Link to post
Share on other sites

a123-flex
23 часа назад, yes сказал:

скорее всего ПЛИС там как раз для того, чтобы сузить поток, то есть какая-то фильтрация, усреднение и т.п.

медленные АЦП LVDS-ом не подключают...

их 128 или 256)

И все равно это усосет USB 3.0 без проблем. Другой вопрос, если какая-то фильтрация, то ее действительно выгоднее в ПЛИС делать, чем хост грузить

23 часа назад, genseq сказал:

Полный комплект софта имеется в открытом доступе. В основном написан на Python и не требует дизассемблирования. Прошивка ПЛИС тоже имеется. Похоже, банальная, поскольку исправно загружается в отладочную плату и ПО принимает эту плату за секвенатор. Так что кое-что уже есть.

То что ПО верхнего уровня есть, да еще и на питоне, и если оно еще и открытое, я так понимаю сильно все должно упростить.

Если Вы загрузили в отладку оригинальную ПЛИС, и она опозналась, это еще не значит что у Вас все про прошивку есть.

Но жизнь и дальнейшие эксперименты да сильно упрощает. Остается прикрутить уже к отладке анализатор, и можно разглядывать обмен.

Правда если как я говорил там канал обмена MGT, то платку все равно нужно переделывать)

23 часа назад, Plain сказал:

Сказки.

Обьясните, почему так говорите ? Возможно схемотехника чипа действительно не позволяет сменить полярность ?

Share this post


Link to post
Share on other sites

yes

посмотрел картинки (спасибо, развлекся :) 

https://www.skygen.com/katalog/reagenty_i_rashodnye_materialy/oxford_nanopore_technologies/protochnye_yacheyki_dlya_miniongridion/

низкая плотность этих нанопор - по площади где-то пара см^2 то есть при 2000 пор получается 10 пор на мм^2 - масштабы не микросхемы, а продвинутой pcb

наверно это чтобы разрешение по току увеличить, или может при создании такой поры точность по x,y низкая

кажется что основной элемент (ноухау и цимес) это собственно нанопора - то есть ее диаметр и набить ее соответствующей органикой, а матрицу/микросхему с таким "разрешением" наверно можно сделать и на "ангстреме"

---------

но картинка не показывает скорость движения ДНК через пору (sample per second) и какие там токи (хотя кажется, что если по z расстояния сильно меньше, чем x,y между порами, то ток можно неплохой выдать - наноамперы(?)

в любом случае - наличие lvds кажется сомнительным - может это не для скорости, а для уменьшения шума. ну а может референс от AD не совсем точный.

Share this post


Link to post
Share on other sites

Herz
5 часов назад, a123-flex сказал:

Вы не ответили про Скоробогатова. Вы хоть понять можете, что он сделал ?))

А должен? И причём здесь он?

Share this post


Link to post
Share on other sites

a123-flex
52 минуты назад, Herz сказал:

А должен? И причём здесь он?

Вы его в том числе вором назвали. Значит должны хотя бы быть способны понять, чего человек делал.

Вы ведь себя считаете великим интеллектуалом, неизмеримо выше всех воров стоящим ?))

Share this post


Link to post
Share on other sites

Join the conversation

You can post now and register later. If you have an account, sign in now to post with your account.

Guest
Reply to this topic...

×   Pasted as rich text.   Paste as plain text instead

  Only 75 emoji are allowed.

×   Your link has been automatically embedded.   Display as a link instead

×   Your previous content has been restored.   Clear editor

×   You cannot paste images directly. Upload or insert images from URL.