[RobFPGA 27]

29 minutes ago, genseq said:

... Считывающе устройство (аналог секвенатора) должно делать то же самое, но может быть проще, поскольку не нужно заморачиваться с устранением электромагнитных наводок.

Это как так?  Не заворачивается с ЭМ наводками не получится. На сколько я понимаю там меряются пико-амперные токи с полосой сигнала до 1 KHz и частотой семплирования с десяток KHz!.
IMHO для таких сигналов борьба с наводками и шумами чуть ли не самое главное.     

[genseq 0]

Для регенерации мембран наводки не принципиальны по причине наноамперных изменений сигнала. Для встраивания нанопор в мембрану нужно отслеживать пикоамперные изменения (от <1 pA до ~50 pA), причём с не очень высокой точностью. При таких требованиях наводками можно пренебречь. Или обойтись их простейшим экранированием.  

[alexunder 4]

9 minutes ago, genseq said:

Про "нано" не писал. Только про "пико". И поминал ещё "фемто", но даже десятки fA - это уже сплошной шум. Что-то осмысленное можно "вытянуть" только при токах в сотни фемтоампер. Рабочий диапазон - от 1 до 50 pA (при 100 mV).

В типичной CMOS APS матрице темновой ток составляет 10-100 e-/s в зависимости от размеров и типа пикселя, по амперам это будет меньше того, что вам нужно. Только, конечно, там в пикселе интегрируется заряд, а потом считывается напряжение. В вашей же системе, насколько я понял, нужно измерять ток постоянно и детектировать импульсы тока, так?

Есть еще варианты установки малошумящих усилителей в пиксель. В таком проекте "инфраструктура" КМОП матрицы использовалась для brain-computer-interface чипа (чтоб к мозгам подключаться).

[yes 5]

12 hours ago, alexunder said:

Да простит меня автор за оффтопик. Нет там таких зарплат, как и везде в европе в ымбеде/харде. Вот данные до вычета налогов (glassdoor):

мы аутсорсили австрийских инженеров (в некой дочке Инфениона) - 40к Евро в месяц за штуку. так как там почти социализьм, то полагаю, что это стандартная цена.

понятно, что на руки они получают в 5+ раз меньше (ну и деньги еще идут на поддержание администрации, офиса, тулзов, лабы и т.п.), но заплатить то за найм придется 40к/мес, а не зарплату, сесть за налоговые преступления или покинуть Австрию и переехать на пмж в Воронеж вряд ли интересно европейскому инженеру

 

[Plain 168]

2 часа назад, alexunder сказал:

насколько я понял, нужно измерять ток постоянно

В предыдущей теме обсуждалось, там те же интеграторы.

[yes 5]

10 minutes ago, Plain said:

В предыдущей теме обсуждалось, там те же интеграторы.

тут процесс достаточно быстрый - скорость протягивания ДНК тысяча (?) оснований в секунду. то есть для того чтоб Котельникова удовлетворить нельзя долго интегрировать.

кстати интересно, что там с тепловым шумом в полосе 10кГц-то? 

[genseq 0]

1 час назад, yes сказал:

тут процесс достаточно быстрый - скорость протягивания ДНК тысяча (?) оснований в секунду. то есть для того чтоб Котельникова удовлетворить нельзя долго интегрировать.

кстати интересно, что там с тепловым шумом в полосе 10кГц-то? 

Скорость протяжки в ONT довели до 450 оснований ДНК в секунду. При этом утверждали, что электроника позволяет увеличить скорость до 1000 оснований/сек. Но в этом году они сосредоточились на борьбе за качество получаемых данных и скорость уменьшили до 200 оснований/сек. Т.е. или увеличили продолжительность интегрирования заряда, или повысили качество получаемых данных посредством их суммирования и усреднения. Или и то, и другое.  

 

4 часа назад, alexunder сказал:

В вашей же системе, насколько я понял, нужно измерять ток постоянно и детектировать импульсы тока, так?

Есть еще варианты установки малошумящих усилителей в пиксель.

В каждом сенсорном пикселе чипа уже встроены малошумящие каскадные усилители, детектирующие импульсы тока (заряды, накапливаемые на пиксельных же конденсаторах). Если не ошибаюсь, АЦП тоже находятся в чипе (скорее всего, 14-разрядные).

Изменено 23 ноября, 2021 пользователем genseq

[Plain 168]

1 час назад, yes сказал:

нельзя долго интегрировать

В предыдущей теме предлагалось это делать непрерывно.

[phoenix 0]

11.11.2021 в 03:30, a123-flex сказал:

Однажды я видел инструмент для анализа прошивки одного из семейств Альтеры. Но никогда Xilinx. Если не какой-то фантастический инсайд, и не всплывёт вдруг команда которая 30 лет занимается реверсом Xilinx и за 25 лет о ней не было ни одного сообщения - ничего кроме логического анализатора здесь не поможет.

ну.. эт вы зря)

вбиваю в гугл "github xilinx bitstream reverse engineering"
и практически на первой странице (ну или в два клика) выплывает такое...

Documenting the Xilinx 7-series bit-stream format
https://github.com/f4pga/prjxray

This package contains software code to invert xilinx bitstreams
https://github.com/djn3m0/debit

The Bitstream Interpretation Library, in short BIL,
is an open library for reading and interpreting Xilinx bitstream files targeted at Virtex FPGAs
https://github.com/florianbenz/bil

This is an in-progress project to document the internals of the XC2064 FPGA
https://github.com/shirriff/xc2064

Trying to understand Xilinx Bitstream format
https://github.com/lastweek/fpga_decode_bitstream

и некоторым проектам достаточно много лет (debit от 2008 года, bil от 2012)

Да, кстати, целая статья на хабре еще была https://habr.com/ru/post/520420/
оригинал здесь: http://www.righto.com/2020/09/reverse-engineering-first-fpga-chip.html

и подает надежды еще эта тулза - The Hardware Analyzer: https://github.com/emsec/hal
но, ей еще развиваться и развиваться конечно.
но пройдет десятилетие и во что-то полезное этот проект может вылиться, я думаю

так же, yosys умеет создавать netlist-ы в том числе и для xilinx (опция synth_xilinx)
здесь уже можно позаниматься встречным реверсом.
правда, тут придется сильно заморочиться скорее всего

в любом случае конечно соглашусь, что при наличии такого обилия "потугов" спецов на "вольных хлебах"
тут еще молотком ли, кувалдой ли... еще вкалывать и вкалывать!

[a123-flex 0]

5 часов назад, phoenix сказал:

ну.. эт вы зря)

ничоси) интересно, спасибо. Не знал.

[mantech 33]

18.03.2022 в 00:18, phoenix сказал:

ще вкалывать и вкалывать!

Чет давно автора не слышно, осилил он это дело или забил нафиг)))

[genseq 0]

Не забил. На днях (вернувшись из Кирова) сверстал выжимку из этого форума. Получилось около трёх страничек. Ещё пару таких страничек, и можно будет приступать к вёрстке ТЗ на разработку импортозамещающего нанопорового секвенатора.

Реверс-инжиниринг MinION.doc

Изменено 22 марта, 2022 пользователем genseq

[mantech 33]

13 часов назад, genseq сказал:

ТЗ на разработку импортозамещающего нанопорового секвенатора.

В Кирове кто-то тоже занимается этим, или по другим делам? 

А ТЗ походу сейчас сначала надо на мало мальскую разработку микроэлектроники вообще, иначе вам только на импорте это надо делать, а с ним сейчас туговато...

[genseq 0]

7 часов назад, mantech сказал:

В Кирове кто-то тоже занимается этим, или по другим делам? 

А ТЗ походу сейчас сначала надо на мало мальскую разработку микроэлектроники вообще, иначе вам только на импорте это надо делать, а с ним сейчас туговато...

В Кирове я живу. В прочих местах имею право находиться без регистрации не больше трёх месяцев. Про микроэлектронику вообще можете почитать здесь: Микроэлектроника в России до и после 24.02.2022 / Хабр (habr.com)

С китайским импортом проблем не предвидится. 

[mantech 33]

2 часа назад, genseq сказал:

микроэлектронику вообще можете почитать здесь

Да уж. Мое мнение, нужна совместная кооперация с Китаем, причем именно с континентальным Китаем, а не Тайванем и пр. У нас наладить производство пластин, может быть какую химию, корпусирование по-возможности, а в Китае литографию и пр. Рынок сбыта - общий. Тогда еще можно на что-то рассчитывать...