[blackfin 16]

Вроде бы, есть готовые измерители заряда на 256 каналов: ADAS1256

Quote

High channel count, data acquisition systems (current or voltage input)

PS. 256-channel, current-to-digital converter module: ADAS1135

[Leka 0]

30 minutes ago, blackfin said:

готовые измерители заряда

Спасибо за ссылку.

На сайте ti.com вроде больше информации. Например на DDC316 больше информации в pdf (16 каналов, 50$ в партии 1к).

 

Изменено 4 ноября, 2019 пользователем Leka

[Leka 0]

Кстати, у указанных микросхем (ADAS* и DDC*) слишком большие шумы для данной задачи, например 0,32...0,4фКл для ADAS*.

Для сравнения, при токе 1пА, накопленный в течении 100мксек заряд будет 0,1фКл.

 

[genseq 0]

 

14 часов назад, blackfin сказал:

Вроде бы,  есть готовые измерители заряда на 256 каналов: ADAS1256

PS. 256-channel, current-to-digital converter module: ADAS1135

Очень похоже на то, что это самый лучший вариант. Точнее - ADAS1134 (128-канальный, 24-разрядный current-to-digital converter module). Применяется в компьютерной томографии. В Россию поставляется, но стоимость не нашёл. Если ADAS1256 (252-канальный, 16-разрядный) стоит около $300, то его 128-канальный собрат вряд ли будет дороже. И нужно просто купить этот модуль (10х10 мм) и попробовать его в деле. Для простой оценки ячеек чувствительности должно быть вполне достаточно. А если для секвенирования чувствительности не хватит, то можно будет взять его схему за основу при разработке ASIC.

Изменено 5 ноября, 2019 пользователем genseq
ошибка

[Plain 168]

В 03.11.2019 в 01:23, Leka сказал:

вариант ... усилитель напряжения без обратной связи

Т.е. компаратор? Вариант пореальнее — мешок TLV9062, на них 126 усилителей переменного тока на ФВЧ инфранизкой частоты на усилителях заряда с программно замкнутой ОС. 126 каналов разбить на группы по 8, каждую оцифровывать и обрабатывать 8-разрядным микроконтроллером.

[Leka 0]

23 minutes ago, Plain said:

Т.е. компаратор?

Нет, усилитель напряжения с фиксированным коэффициентом усиления.

По n-МОП или p-МОП технологии можно сделать каскад, где Кус определяется геометрическими размерами транзисторов (резисторы не нужны). Многокаскадный усилитель даст общее нужное усиление без обратной связи. Задача реализации такого усилителя в ASIC - как раз для студента, поэтому и предлагаю такой вариант.

На покупных ОУ усиление, конечно, надо задать резисторами обратной связи.

32 minutes ago, Plain said:

TLV9062

Шумы больше на 1кГц. Но можно и с них начать, а потом заменить на получше.

[Plain 168]

3 минуты назад, Leka сказал:

На покупных ОУ усиление, конечно, надо задать резисторами обратной связи

У усилителей заряда резисторы отсутствуют, в ТЗ задачи сигнал переменный ток, почему здесь до сих пор продолжают говорить про усиление постоянного и сопутствующие ему ДНХ?

[iliusmaster 5]

Я бы сказал больше. Почему здесь обсуждают схемотехнику сферического коня в вакууме, когда характеристики реальных ячеек никому не известны, сигналы ими формируемые тоже. Все это бессмысленные фантазии на тему. 

[Leka 0]

29 minutes ago, Plain said:

в ТЗ задачи сигнал переменный ток

Нет, сигнал - переменное сопротивление, и надо снять осциллограмму изменения этого сопротивления.

 

18 minutes ago, iliusmaster said:

характеристики реальных ячеек никому не известны

Чтобы померить что-то у ячейки, как минимум надо предложить физическую модель этой ячейки. Иначе будут просто попугаи, а не измерения.

[Plain 168]

Как я понял, смещение поры постоянным напряжением создаёт постоянный ток засоса, который скользящим усреднением попутно модулируют молекулы. Какой там ток номинально — без разницы, амплитуда модуляции — тоже, потому что ясно, что шум намного больше, и единственный способ — синхронная обработка, для чего нужно выделить несущую, по ней нормализовать по частоте, затем искать и усреднять, та изначальная ПЛИС как раз для такой работы, "с разума начали, разумом кончили ©".

[iliusmaster 5]

55 минут назад, Leka сказал:

Чтобы померить что-то у ячейки, как минимум надо предложить физическую модель этой ячейки. Иначе будут просто попугаи, а не измерения.

Чтобы померить ячейку, нужно иметь ячейку. Потому как ваши физические предположения расколются о действительность. Диаметр отверстия поры никому не известен, а ее величина напрямую определяет емкость БЛМ. 

Состав БЛМ тоже не известен, а удельная емкость разных БЛМ может отличаться до 2-5 раз. Зависит от состава и растворителя. 

Сопротивление раствора и потому величина начального ПОСТОЯННОГО тока через ячейку тоже не известна, так как состав, а соответственно и  ионная проводимость раствора является для нас тайной. При величине отверстия в 2-4 нм. от активности ионов ох как будет зависить проводимость.

Потом ячейки есть плохие, а есть хорошие. Как их производитель отбраковывает - неизвестно. Может вы за норму возьмете то, что является абсолютным браком. 

Думать, что ребята, которые создавали этот метод жевали сопли 15 лет, по мне так сомнительно и потому поводных камней там может быть как в большом барьерном рифе.

Пока не будет нормальной ячейки, у которой на родных растворах можно будет промерить статические параметры, а именно напряжение пробоя, емкость, ток утечки ячейки, шум тока утечки, динамические параметры на заведомо известных коротких фрагментах ДНК с торможением хеликазы. Пока таких параметров не будет, можно до бесконечности коня в вакууме усиливать.

48 минут назад, Plain сказал:

 искать и усреднять

В том то и засада, что усреднять нельзя. Важен каждый конкретный нуклеотид, а не их сумма:(( Тут еще и обратную задачу решать нужно, определение состава суммы по известной сумме.

[Leka 0]

30 minutes ago, iliusmaster said:

промерить статические параметры, а именно напряжение пробоя, емкость, ток утечки ячейки, шум тока утечки, динамические параметры на заведомо известных коротких фрагментах ДНК с торможением хеликазы. Пока таких параметров не будет, можно до бесконечности коня в вакууме усиливать.

Померить все это надо.

Но у меня, например, случились непредвиденные "каникулы", поэтому и отвлекся на эту задачу. Потом мне не захочется так сильно отвлекаться, поэтому выложил сейчас свои соображения (исходя из озвученных в этой ветке параметров).

[Plain 168]

56 минут назад, iliusmaster сказал:

усреднять нельзя

Синхронно усреднять, т.е. записи одинаковых участков, затем искать локальную обратную к скользящему усреднению функцию, которая и даст конкретный нуклеотид.

[genseq 0]

21 час назад, Leka сказал:

Померить все это надо.

Но у меня, например, случились непредвиденные "каникулы", поэтому и отвлекся на эту задачу. Потом мне не захочется так сильно отвлекаться, поэтому выложил сейчас свои соображения (исходя из озвученных в этой ветке параметров).

Спасибо, что отвлеклись от более важных задач. И за очень грамотные формулировки этой задачи. Приму их на вооружение.

В 04.11.2019 в 18:40, Leka сказал:

На сайте ti.com вроде больше информации. Например на DDC316 больше информации в pdf (16 каналов, 50$ в партии 1к).

  Покопался в Интернете на предмет DDC316. Интересная штучка! Схема в общих чертах описана в патенте US 5841310 (см. аттач), срок действия которого закончился в 2018 году. Поэтому до сих пор они продаются примерно по $100 (оптом ~$50), но уже появилось несколько клонов DDC316 стоимостью вплоть до $0,05:

https://russian.alibaba.com/product-detail/Integrated-Circuits-IC-ADC-16BIT-16CH-62266159795.html?spm=a2700.galleryofferlist.normalList.110.247320bd28Rm3t

Похоже на то, что схему DDC316 можно взять за основу для разработки ASIC, а сами чипы использовать для комплектации тестового устройства, предназначенного для регенерации рабочих ячеек нанопоровых секвенаторов. На тестовом устройстве можно будет набить шишек и сделать что-то более достойное - на базе ADAS1134/1135, а если сильно повезёт, то и на специально разработанных зеленоградских чипах. 

 

Кстати, об ADAS1134/1135. Их пропагандой сейчас занимается проживающий в Мюнхене Антон Патюченко. Вы случайно не из Мюнхена?

Понимаю, что вероятность такого совпадения невелика, но у меня тут нашёлся сосед по подъезду, с которым можно будет пообщаться не только заочно, но и очно. Так что чем чёрт не шутит? 

https://www.analog.com/en/technical-articles/medical-image-processing-from-formation-to-interpretation.html

 

 

pat5841310_1998.pdf

Изменено 5 ноября, 2019 пользователем genseq
аттач

[iiv 17]

6 hours ago, genseq said:

Кстати, об ADAS1134/1135.

А их тоже как и штопанные ячейки контробасом в РФ поставлять будете? Может по первости, как Plain советовал с 8-ми битными микроконтроллерами, или как я когда-то про MCP3913 (60 бакс на 126 каналов и не под санкциями)?

6 hours ago, genseq said:

Поэтому до сих пор они продаются примерно по $100 (оптом ~$50), но уже появилось несколько клонов DDC316 стоимостью вплоть до $0,05:

я очень сомневаюсь, что рабочий клон этой МС с аналогичными характеристиками вы сможете купить дешевле оптовой цены с сайта Техаса, то есть за 50 бакс.