[iliusmaster 5]

Во всей этой истории меня смщает только одно. Зачем вкладывать свои интеллектуальный труд в "штопанные" ячейки. Я вот над чем вам советую подумать. В 1989 году никто и не помышлял про литографию нанометрового масштаба. Сейчас же TSMC вывел в производство техпроцесс 5 нм. 

Нужно сесть и хорошенько подумать:

1. Структура из каких веществ и какой формы позволит создать искусственную пору с нужными нам характеристиками?

2. Что лучше всего позволит идентифицировать нуклеотиды. Может подвести два магнитных язычка(слой атомов железа) к поре, и подать магнитное поле и определять частоты резонансов в узком зазоре? То есть оппозитно два язычка из железа и еще два из золота. По одним концентрируем магнитное поле в зазоре, а на других снимаем вч спектр? 

А может посчитать и сделать узкий туннель для квантов света и по характеристикам взаимодействия света с основаниями проводить их идентификацию.

А может подать потенциал с одной стороны поры, а затворными структурами с другой стороны его оценивать.

3. Десяток вариантов с может. Каждый нужно продумать, просчитать реализуемость, провести эксперименты. 

4. Таки сделать секвенатор нормальный без несуразного ИИ и с точностью идентификации лучше 90%, а то длина ДНК в клетке 2м. расстояние между нуклеотидами 0,34нм. итого 5,8 млрд. оснований. Вот я и обсчитался, наука нам вещает, что сильно меньше, всего 3млрд. Но все равно,  при погрешности 90% сильно много раз придется перечитывать, чтобы получить что - либо приемлемое.

Пока есть идеи и силы, лучше придумывать что-либо новое, чем "штопать" чужие гандоны ячейки.

[a123-flex 0]

Iliusmaster, я правильно понял Ваш пост, Вы говорите о том, что вместо того чтобы заниматься лечением чужих бу ячеек лучше сделать на tmsc чип по технологии 5 nm  со своими ?

[iliusmaster 5]

Нет. Я про то, что вместо использования БЛМ и белковой поры, со всеми присущими такой системе недостатками, придумать просчитать и изготовить синтетическую пору для анализа ДНК на фабрике TSMC. Тут как раз хватит работы всем. И математикам и  физ-химикам и технологам...

[Leka 0]

15 minutes ago, iliusmaster said:

вместо использования БЛМ и белковой поры, со всеми присущими такой системе недостатками, придумать просчитать и изготовить синтетическую пору для анализа ДНК

Насколько упростится биохимия, если убрать только формирование БЛМ и белковой поры?  

[a123-flex 0]

27 минут назад, iliusmaster сказал:

Нет. Я про то, что вместо использования БЛМ и белковой поры, со всеми присущими такой системе недостатками, придумать просчитать и изготовить синтетическую пору для анализа ДНК на фабрике TSMC.

У меня ещё вопрос: может ли хоть кто-то из России запуститься на tmsc, и сколько контор на сегодня в России может получить из бюджета деньги для финансирования такого проекта ?

[Leka 0]

2 hours ago, genseq said:

грамотно сформулировать ТЗ на разработку ASIC

Это рано пока. Начинать надо с покупных деталей, но с прицелом на ASIC (по схемотехнике и алгоритмам). 

4 minutes ago, a123-flex said:

запуститься на tmsc

Для низкочастотной слаботочной аналоговой схемотехники нанометры не нужны, подойдут даже микронные нормы.

[iliusmaster 5]

33 минуты назад, Leka сказал:

Насколько упростится биохимия, если убрать только формирование БЛМ и белковой поры?  

Упроститься создание ячейки. Сильно улучшиться качество ячеек. Многократно уменьшиться число ошибок распознавания нуклеотидов.

Представьте, что БЛМ - это фактически отверстие длиной 10нм. ну или 7нм, если сильно повезло. Расстояние между нуклеотидами 0,34нм. То есть в ячейке одновременно могут находится до 20 ти нуклеотидов. И сигнал меняется от входящего - выходящего, меняется суммарный ток  и вооще все становится очень не просто с распознаванием на фоне и так слабого зашумленного сигнала. Именно из- за неточностей распознавания нанопоровое секвенирование и не получило до сих пор широкого распространения в секвенировании длинных последовательностей и генома в частности. Там и более точными и чуткими методами бывает такого насеквенируют...

Нанометры нужны не транзисторы клепать, а сформировать пору нужной конфигурации. То есть сделать чип с синтезированными порами.

"У меня ещё вопрос: может ли хоть кто-то из России запуститься на tmsc, и сколько контор на сегодня в России может получить из бюджета деньги для финансирования такого проекта ?"

Запуститься может кто угодно, были бы деньги. Контор ни одной, потому как такие проекты реализуют не конторы, а личности, в подчинении которых находятся конторы. Личностей, способных потянуть такие проекты в нашей науке пока не наблюдается. То есть заявить, что возьмусь и сделаю и чтобы прямо поверили, что сделает...

Деньги как ни странно в стране есть. Вот тут 100млн. долларов полковник решил вернуть с барского плеча, а сколько там еще сотен млн и млрд долларов, которые мы не видим. В Москве только на благоустройство тратят по 4 млрд. долларов в год. Так что деньги есть, а давать некому. 

[a123-flex 0]

11 часов назад, iliusmaster сказал:

Деньги как ни странно в стране есть. Вот тут 100млн. долларов полковник решил вернуть с барского плеча, а сколько там еще сотен млн и млрд долларов, которые мы не видим. В Москве только на благоустройство тратят по 4 млрд. долларов в год. Так что деньги есть, а давать некому. 

Вы ещё посчитайте газпромовские и роснановские деньги как свои собственные (

У меня возле работы дорогу в этом году 4 раз ремонтируют, последние несколько месяцев - без остановки. Причем так - срезают вчерашний асфальт и позавчерашнюю автобусную остановку выкорчевывают под корень и ставят новую остановку - по ощущениям она уже платиново-хрустальная. Бордюры ставят - похоже на то чистый гранит. Какая забота о москвичах, а ??

Но у меня ощущение что те кто это делает, просто нашли работающий вечный двигатель...

Ответ выходит простой - денег нет, никому ничего не дадут, и ТС делает единственное, что реально возможно, я правильно понял ?

[iliusmaster 5]

Деньги есть. Давать некому. 

Топик-стартер делает то, к чему способен - штопает ячейки. В этом его вины нет. Можно даже похвалить его за усердие и трудолюбие и пожурить за то, что не хочет ничего нового придумывать.

Если бы реально хотел делать возможное - давно бы добыл новую ячейку и промерил ее параметры на стандартных образцах ДНК. Это не огромной сложности задача даже для нашего Пущино, не беря в расчет Московские институты.

 

[a123-flex 0]

Я извиняюсь за нескромный вопрос, но имхо Ваш опыт и положение в теме весьма велики - а почему Вы не достали целую ячейку ?

[iliusmaster 5]

"-Почему же вы отказываетесь?
-Не хочу.
-Вы не сочувствуете детям Германии?
-Сочувствую.
-Жалеете по полтиннику?
-Нет.
-Так почему же?
-Не хочу." (М.А. Булгаков)

[a123-flex 0]

Вы просто неправильно трактуете ситуацию. Денег нет. 

Их стало так мало, что уже волки начали грызть друг друга. Миллионы нашлись у полковника, ТК у какого-то генерала их стало маловато, и теперь следующий полковник и группа сочувствующих товарищей крепко почешут, прежде чем потерять.

Деньги В ПРИНЦИПЕ есть, но я ни разу не слышал, чтобы например коза ностра финансировала фундаментальные исследования.

Разве что в Китае и наркотиков)

Или в России учёные изобрели способ как быстро и легко обуть криминал на деньги ?)

[genseq 0]

8 часов назад, a123-flex сказал:

Я извиняюсь за нескромный вопрос, но имхо Ваш опыт и положение в теме весьма велики - а почему Вы не достали целую ячейку ?

В России их нет. И, возможно, не будет. А за бугром продажи начались совсем недавно. "Удочки" в несколько мест уже забросил. Например, здесь: http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=597159

Пока безрезультатно, но постараюсь до Нового года решить этот вопрос. Есть парочка MinIONов (и несколько ячеек к ним), но их проприетарный софт очень уж проприетарен. Экспериментировать с ним невозможно.

 

Что касается замены унизительного для многих использования готовых ячеек на собственную разработку, то идея не новая. И давно уже обсосанная со всех сторон. Многие и сейчас сосут эту соску (и высасывают из бюджета и из инвесторов на это неплохие деньги). Например:

https://www.gamma-dna.ru/

[a123-flex 0]

9 часов назад, iliusmaster сказал:

Если бы реально хотел делать возможное - давно бы добыл новую ячейку и промерил ее параметры на стандартных образцах ДНК. Это не огромной сложности задача даже для нашего Пущино, не беря в расчет Московские институты.

Выходит, не так уж это и просто....

[iliusmaster 5]

1. Закидывать удочку на умерший форум Молбиола абсолютно бессмысленно. Так кроме технишенов никого нет.

2. Нужно связываться напрямую с теми лабораториями, где вполне себе покупают такую технику или с людьми, имеющими доступ в такие лаборатории. Если нет выходов в такие лаборатории, то увы. 

3. Наберитесь смелости и напишите Феде Кондрашову или Михаилу Гельфанду, у них есть достаточно связей, чтобы в течение месяца добыть вам ячейку, но профинансировать покупку, естественно придется вам. Если стесняетесь напрямую к ним, то в Пущино есть хорошая девочка Мария Тутукина, которая занимается геномом и очень хорошо с ними общается. Обратитесь к ней, вдруг поможет.