Я этим вопросом не занимался, так что ничем помочь не могу. Не знаю есть ли команда для удаления всех лицензий из коммандера. API функция есть JLINK_EMU_EraseLicenses() даташит из SDK тут чуть ранее выкладывали. Так бегло глянул в дизассемблере, можете попробовать в коммандере (без exec) введите "license show" (без кавычек),  затем можете попробовать (на свой страх и риск), так как не знаю поможет ли, "license erase" (без аргументов) ну и если удалятся все лице