На узел, состоящий из платы, трансформатора, моста и т.д., выпустить единую Э3. Штрих-пунктиром обвести то, что будет на плате. Конструктора сделают подсборку печатного узла. Трансформатор и мосты вынести в общую сборку (или МЭ). Как обозначать и что в какую спецификацию включать - разберутся по своим конструкторским ГОСТам.
Вариант с оформлением своей отдельной схемы на плату - тоже формально правильный, но неудобный при эксплуатации, как Вы и написали.