Если ваши удаленные устройства поддерживают удаленный reset (например, посредством установки RS485 в лог.0 на определенное время), то можно перед началом работы их всех разом засинхронизировать.
Можно посылать на каждое устройство команду установки времени (с учетом времени прохождения пакета по сети). Понятно, что в этом случае рассогласование будет зависеть от того, как реализованы системные часы и быстродействия контроллеров
