В общем, основой работы с HES платой является наличие какого либо синтезатора (Symplify, FPGA Compiler, XST м так далее), иплементатора Xilinx ISE или Quartus, в зависимости от того, какой у вас HES, ну и конечно какого-то из симуляторов: Active-HDL, Riviera, Modelsim, NC-Sim, Scirocco, VCS. Все это подключается к DVM (Design Verification Manager является софтварьным сердцем HES'a) проект транслируется, причем в плату может быть засунут как весь проект, а наружу только ноги торчат, так и кусочек онного. Если хотите посмотреть сигналы не являющиеся входами-выходами, то достаточно в DVM выбрать их для трассировки и они будут выведены наружу (в симулятор) как сигналы отладки. Из приятных сторон хотелось бы отметить, что компонент(ы), помещенный(е) в HES, в симуляторе видны как черные ящики с входами и выходами и пользователю для отладки совсем необязательно изучать новую среду моделирования, он пользуется все тем же привычным симулятором, смотрит временные диаграммы и т.д. Связь девайса с симулятором осуществляется со стороны системы мост "PCI-драйвер", а со стороны симулятора "драйвер - (VHPI/PLI) интерфейс". Да, отладка из симулятора может производится только в случае работы на програмном синхроимпульсе (из симулятора).
А вот для изменений конечно же прийдется делать перетрансляцию, тут уж ничего не поделаешь, лучше всего использовать HES для ускорения работы тех частей проекта, которые уже относительно отлажены, что-бы часто не мучаться ;)