По моим представлениям, это (использование интегрирующей цепочки) было сделано ради возможности измерения величины отклика и подстройки (программной) порогов переключения. Иначе могут быть проблемы при изменении температуры, какой-то посторонней засветки, запыления и помутнения поверхностей. Как вариант, это можно решить с помощью ADC. Но задачу облегчает то, что есть три одинаковых сенсора, и по очередности их срабатывания, можно принять решение о движении мишени (зная "предисторию"), даже без измерения абсолютной величины отклика.
"Иголка" при включении заряда - следствие емкости перехода, тут никаких сомнений. Естественно, измерение надо запускать гарантированно после прохождения этой помехи. И я бы для начала измерил бы ток через фототранзистор, используя резистивную нагрузку. Сняв семейство характеристик в разных условиях и с разным положением мишени. И не забыв проделать то же, слегка подогрев это все градусов хотя бы 50.
