На "Открытых ядрах" ARM'а не видно. Есть другие RISC, есть AVR, но во-первых, это довольно облегченные версии, а во-вторых, всякая отладочная лабуда там скорее всего отсутсвует (хотя можно и без нее обойтись, но все же).
А если грузить из внешней ПЗУ, то проще наверное будет найти МК который имеет режим загрузки из внешнего EEPROM (который вы замените на масочный или "перемычечный" вариант) по SPI или I2C. Помните, что SAM-BA сидит внутри во флеш, которая умрет при первом мили-рентгене :)
А умрет САМ-БА -- по УАРТу уже ничего не залить.
(+): опередили, насчет САМ-БЫ :)
Почитайте внимательно по AVR на opencores. Там JTAG OCD есть но он не бесплатный просто. А периферия в каждом устройстве своя нужна.
