Jump to content
    

genseq

Участник
  • Posts

    85
  • Joined

  • Last visited

Reputation

0 Обычный

About genseq

  • Rank
    Частый гость
    Частый гость

Recent Profile Visitors

The recent visitors block is disabled and is not being shown to other users.

  1. Хорошо бы обойтись без копирования. Но тогда не обойтись без разработки загрузки для FPGA. При этом придётся разбираться и с распиновкой ячеечной платы, и с протоколами передачи данных с не имеющего даже краткого описания сенсорного чипа . А это уже задача более высокой сложности. Уверены, что Вам удастся с ней справиться? Если не уверены в своих силах, то буду признателен за контакты непризнанного гения, способного решить эту проблему.
  2. Софт "стырить" невозможно, поскольку его можно совершенно бесплатно скачать из Интернета. Оксфордцы для его разработки привлекают программистов со всего мира, поэтому софт пишется в основном на Питоне и вполне доступен для понимания. Проблема в том, что работает такой софт в связке с фирменными серверами. Работать автономно можно только по особому разрешению, но эту проблему удалось решить. Причём сразу тремя различными способами. С регенерацией бислойной липидной мембраны начинали возиться ещё пару лет назад. Сейчас "лёд тронулся", но эту технологию нужно ещё оптимизировать, отрабатывать и дорабатывать. Встраивание белковых ионных каналов в мембраны тоже нужно отрабатывать, но у нас под боком имеется по крайней мере 6 лабораторий, специалисты которых способны этим заняться. Если не на CsgG, то на множестве модельных трансмембранных белков, на которых они собаку съели (и щенком закусили). Что касается CsgG, то этот белок уже давно клонирован, да и модифицировать его для улучшения считывания ДНК не сложно. Это не слишком сложная проблема (даже для меня). С геликазой проблем нет уже давно. Есть и бактериальные, и дрожжевые рекомбинантные штаммы-продуценты. Так что с разработкой "сырой" части непреодолимых проблем не предвидится. Но есть проблемы с нанопоровыми секвенаторами, которые сейчас в Россию не поставляются. И было бы очень неплохо скопировать устройство, считывающее информацию с регенерируемых ячеек (секвенатор). К сожалению, способные на это специалисты не хотят ничего копировать, а хотят заниматься собственными разработками. Причём только за большие деньги (и за 2...3 года). Надеюсь, что из этого правила найдутся исключения.
  3. И здесь: https://www.businesswire.com/news/home/20221023005056/en/Oxford-Nanopore-Opens-Genomics-Market-With-PromethION-2-Solo-The-World’s-First-Portable-High-Yield-Sequencer-Providing-Comprehensive-DNA-Analysis-for-Anyone-Anywhere
  4. Защиты нет. Точность нанопорового чтения ДНК в этом году превысила 99%. Это если с гарантией. Часто точность составляет 99,5%. А рекордный показатель - 99.7%. Задача грести деньги лопатой не стоит. Целью является снижение стоимости секвенирования в России. Для этого вместо новой разработки можно ограничиться копированием старой. При этом проблемой может оказаться прекращение производства SPARTAN 6 как устаревшей модели. А старая загрузка для новой модели FPGA может не подойти. Буду признателен за идеи по этому поводу.
  5. Загрузка прошивки Спартана-6 идёт с компьютера. Расчёт на то, что если плату скопировать достаточно точно, то прошивку разрабатывать не понадобится. Она загружается при запуске прибора его родным ПО. Но в перспективе было бы неплохо разобраться и с этой прошивкой - чтобы заменить Спартан-6 чем-нибудь более доступным (китайским). Например: Компания GOWIN Semiconductor представила новое решение GOWIN USB 2.0 (vostok-electronics.ru) И разработать уже собственную плату, со своим ПО.
  6. Похоже, Вы правы. Они же и реверсят? Не нашёл эту услугу на их сайте: Печатные платы — РЕЗОНИТ — Производство и монтаж печатных плат (rezonit.ru) Плохо искал?
  7. Не удалось, поскольку этим не занимались. Проще было покупать импортные секвенаторы. Сейчас эти поставки прекратились и актуальность темы повысилась. Кстати, о комплектующих, которые попали под санкции. Если не ошибаюсь, их не сложно купить в Китае (пока он не под санкциями). При том, что параллельный импорт секвенаторов невозможен.
  8. ПО имеется в открытом доступе. Кроме того, оксфордцы отказались поставлять свои секвенаторы в Россию. А это развязывает руки.
  9. Точно такое же делать совсем не обязательно. Главное - чтобы плата работала с уже имеющимся ПО. Т.е. распознавалась им как родная. Если ориентироваться на разработку собственного ПО, то это обойдётся слишком дорого. И затянется слишком надолго.
  10. Прикреплённый в первом сообщении файл прочли 10 человек. И Вы явно не входите в их число. Для решения основных задач ("в области биохимии и технологии") специалисты имеются. Здесь обсуждается только копирование (реверс-инжиниринг) платы секвенатора MinION. Похоже, это не Ваш (vov4ick) профиль.
  11. Здравствуйте, yes. Прошлая задачка оказалась слишком сложной. Теперь хотелось бы обойтись без подвигов, т.е. ограничиться простым копированием простой (или не очень) платы: Вид сверху:
  12. Существуют ли специалисты, способные скопировать небольшую плату секвенатора? Точное копирование не обязательно, но схемотехника не должна отличаться по причине того, что специалисты, способные переписать ПО отсутствуют. Т.е. нужно, чтобы плата могла работать с готовым ПО (или его слегка модифицированным вариантом). Буду признателен за наводку. P.S.: подробности в аттаче. Нанопоровое импортозамещение.pdf
  13. В Кирове я живу. В прочих местах имею право находиться без регистрации не больше трёх месяцев. Про микроэлектронику вообще можете почитать здесь: Микроэлектроника в России до и после 24.02.2022 / Хабр (habr.com) С китайским импортом проблем не предвидится.
  14. Не забил. На днях (вернувшись из Кирова) сверстал выжимку из этого форума. Получилось около трёх страничек. Ещё пару таких страничек, и можно будет приступать к вёрстке ТЗ на разработку импортозамещающего нанопорового секвенатора. Реверс-инжиниринг MinION.doc
×
×
  • Create New...