Так, обо всем по порядку.
1. JFFS2 - не для QSPI
2. По поводу PL-части (FPGA) у вас есть два варианта - грузить его явным образом из U-Boot либо закатать внутрь FIT-файла (Flattened Image Tree, примеры в u-boot/doc/uImage.FIT). Разумеется, речь идет о Full Reconfiguration. Partial Reconfiguration тоже можно, но это бубен из другого ансамбля. Оба варианта подразумевают не битстрим, а бинарь, полученный из битстрима проходом bootgen, см.UG1283
3. По поводу ядра - ровно то же самое, два варианта - грузим отдельно либо в составе FIT. Второй вариант мне нравится больше - не надо заморачиваться разбивкой памяти при декомпрессии ядра (да-да, ядро можно сжать, например, lzma и сказать U-Boot'у декомпрессить его перед загрузкой, то же самое относится и к PL).
4. rootfs - три варианта: ext4 на sdcard, ramdisk в QSPI отдельно, ramdisk внутри FIT. Второй и третий варианты все равно потребуют какого-то writable storage для логов, /tmp и прочего, так что, ПМСМ, при наличии SDcard не имеют смысла.
Какую комбинацию вариантов из 2/3/4 применить - решать вам.
