Сначала решите основную задачу - отладка алгоритмики вашего приложения. Для этого надо создавать приложение из шаблона Empty Application, отладчик сам проинициализирует PS, затолкает битстрим в PL часть и загрузит в память вашу программулину, вам останется только отлаживаться.
1. Если Zynq чует подключенный отладчик - он всегда сваливается в JTAG Boot Mode. Если отладчиком камень виден (а похоже, что виден) - значит с подключением JTAG все в порядке.
2. У вас память не сконфигурена.
3. В отладке, видимо, не подгрузился и не отработал ps7_init.tcl -проверьте.
Да не трогайте вы флешку. Лучше сначала определитесь, виден ли камень полностью через JTAG. Если видится - делайте проект в Vivado, в котором только Processing System, настраиваете все в PS как надо, экспортируете, делаете Memory test и гоняете его. Если все нормально - тогда делаете свое приложение, осваиваете bootgen/program_flash - и вперед, на мины
Вот навскидку - AM654x от TI и i.MX8 от NXP - если ставить вопрос именно связки A+M/R. Плюс у TI есть свой RT процессор, весьма неплохой.
Не знаю, как там во вселенной I/A дела обстоят, а во вселенной X великое разнообразие - *Zed от авнета, огроменный набор от Trenz, есть myir и прочие китайцы - с выбором все в порядке...
