Посмотрел вашу схему, вижу следующее:
1. Пины MSEL я бы поставил в комбинацию 001, как описано в Handbooke и судя по тому как вы запитали банки ПЛИС.Также обратите внимание на пин POR.
2. В JTAG цепочке TCK надо посадить через 1КОм на землю, подтяжка TDO к 3,3В через 10КОм не обязательна, как описано здесь