У "марсоходов" подобная ошибка, в квартусе 15 всё нормально, в 16-м - Error (18496):
https://marsohod.org/forum/voprosy-o-plate-marsokhod/4725-m3bis-error-18496-pin-27-is-too-close-to-pll-clk
Попробовал в 18-ом скомпилировать - аналогично.
Поставил в qsf строчку, которая указывает, что выходная нога не дёргается, изменений нет...
Получается, что квартус не позволяет применять одну ногу пары на выход, которая не применяется как пара, и есть другая нога "пары" _n или _p, определённая как вход, да ещё и для PLL.
В вашем случае MBT_CLK находится на ноге, которая имеет пару для дифференциального режима, вы туда определили DTRBU_CONT. Пусть и не применятся режим диф-пары, но там что-то во входной логике не так работает, если переключается на выход "половина логики пары".
