Инструкция по подготовке среды компиляции для ARM процессоров находятся ниже.

ATMEGA/ATXMEGA:

Для компиляции используется

AVR Studio 4.19 (build 730):
http://www.atmel.com/Images/AvrStudio4Setup.exe

Должно быть установленно 
Atmel AVR 8-bit and 32-bit Toolchain 3.4.2 - Windows 
http://www.atmel.com/images/avr-toolchain-installer-3.4.2.1573-win32.win32.x86.exe

ARM:
Для компиляции используется комплект инструментов с сайта www.yagarto.de
Кроме того, при компиляции для просцессоров CORTEX-M3 используется библиотека CMSIS от ARM LIMITED. Каталог находится на том же уровне, что и каталог проекта. 

Устанрвить две инсталляшки – 
yagarto-tools-20121018-setup.exe

Обновление компилятора - теперь тут: https://launchpad.net/gcc-arm-embedded
Последняя версия - https://launchpadlibrarian.net/177524958/gcc-arm-none-eabi-4_8-2014q2-20140609-win32.exe

CMSIS:

https://silver.arm.com/download/ARM_and_AMBA_Architecture/CMSIS-SP-00300-r4p1-00rel0/CMSIS-SP-00300-r4p1-00rel0.zip


Общее:

Выбор целевой конфигурации проекта производится в файле product.h
На основании выбраной конфигурации и целевого процессора (arm/atmega) выбирается пара конфигурационных файлов
.\board\*ctlstyle*.h и .\board\*cpustyle*.h.
ctlstyle описывают внешние (по отношению к процессору) особенности аппаратуры - адреса устройств на шине spi, 
типы применённых микросхем и тип индикатора (и так далее). 
cpustyle описывают назначение выводов процессора (распределение по портам ввода/вывода).