2Maverick: Что-то я никак не пойму, зачем Вы пытаетесь тащить CLK c пина. Насколько я понял, вытащить MSS-шный клок на FPGA-фабрику можно примерно так:
1) Импортируйте свой VHDL-файл cо счетчиком в проект.
2) Сконфигурируйте FIC в MSS-конфигураторе, включив например AHBlite-интерфейс.
3) Сконфигурируйте внутри MSS остальные блоки, которые планируете использовать.
4) Вставьте в Smartdesign MSS и свой счетчик
5) Мапьте AHB clock из FIC и входной клок свеого счетчика
вроде как-то так
Если же Вам непременно нужен внешний клок то тащите его с юзер-I/O, например с того, что предложил Джеймс.
Ну и совсем брежу: если Вам не нужен MSS, зачем вы купили ТАКОЙ кит.